Martin Smolka vystudoval skladbu na AMU a soukromě u Marka Kopelenta. V roce 1983 spoluzaložil Agon, soubor specializovaný na současnost i historii hudební avantgardy. V něm působil do roku 1998 jako umělecký vedoucí a hráč na preparovaný klavír. V rámci projektů Agonu se zabýval i pátráním po zapomenutých hodnotách (čtvrttónová hudba žáků Aloise Háby, počátky 60. let v Československu) a realizacemi grafických partitur a konceptů (díla Milana Grygara, Johna Cagea ad.), je spoluautorem knihy a CD Grafické partitury a koncepty. Od roku 2003 učí skladbu na Janáčkově akademii múzických umění v Brně.

Od dvou různých východisek, webernismu a minimal music, došel Smolka k osobitě konkrétní sonoristice - hudebně pracoval s nástrojovými zvuky, které připomínaly jevy našeho světa (lodní a vlakové sirény, rachot strojů, zvuky deště a mnohé jiné), přičemž tyto zvukové vzpomínky spoluurčovaly často nostalgický, někdy groteskní výraz jeho hudby (např. skladby Déšť, nějaké okno, střechy, komíny, holubi a tak..., a taky železniční mosty, 1992; Rent a ricercar, 1993/5 aj.). Po roce 1998 následovala změna stylu směrem od sonoristiky k práci s tóny, dokonce s typickými útvary tradiční hudby jako mollový trojzvuk či smyčcová kantiléna, ovšem deformovanými jednak pomocí mikrointervalů, jednak kolážovitou strukturací (např. kvintet Lieder ohne Worte, 1999; Remix, Redream, Reflight pro orchestr, 2000; Ach, mé milé c moll pro ensemble, 2002). Od roku 2000 se věnuje více vokální hudbě a zvláště opeře (Walden, the Distiller of Celestial Dews pro sbor, 2000; Nagano - opera 2001-3; Das schlaue Gretchen - opera pro dětského diváka, 2005). Opera Nagano (o hokeji), vytvořená na objednávku Národního divadla v Praze, získala národní cenu Alfreda Radoka za rok 2004.

Skladby Martina Smolky si vydobyly uznání doma i v zahraničí - psal na objednávky prestižních festivalů jako Varšavská jeseň, Donaueschinger Musiktage, Berliner Musik-Biennale, Nov-Antiqua Köln, Eclat Stuttgart, Bang-On-a-Can-Marathon New York, Wittener Tage für neue Kammermusik, musica viva Mnichov, Aksamitna Kurtyna Krakov, Pražské Jaro, Festival Rümlingen, Klangspuren Schwaz, a dalších institucí a interpretů (např. Francouzské ministerstvo kultury pro Ensemble 2e2m v Paříži, Musik der Jahrhunderte Stuttgart pro Neue Vokalsolisten a Arditti Quartet, Národní divadlo v Praze, Staatstheater Nürnberg). Další významné festivaly vybraly jeho skladby k reprízám (ISCM World Music Days Oslo, Kodaň, Švýcarsko, Hörgänge Wien, Klangaktionen Mnichov aj.). Na mnoha místech zazněla jeho hudba v podání souboru Agon (Berliner Festwochen, Budapest Spring Festival, South Bank Centre London, Musique Actuelle Victoriaville Canada, Rotefabrik Zurich, Melos Ethos Bratislava, Mezinárodní hudební festival Brno, Vilnius a Tallin, Reykjavík, Frankfurt, Paříž aj.).
Jeho komorní dílo je zčásti nahráno na kompaktních discích v podání souboru Agon (značky Arta Records a audio ego). Jiné dvě skladby (Déšť, nějaké okno, střechy, komíny, holubi a tak..., a taky železniční mosty a Walden, the Distiller of Celestial Dews) figurují na výběrech nahrávek z Donaueschingen Musiktage (col legno). Od roku 2000 vydává jeho partitury nakladatelství Breitkopf & Härtel (Wiesbaden).

Kompozice koncertních skladeb a opery je hlavním předmětem Smolkovy umělecké činnosti. Působil ale také jako hudební improvizátor k divadlu (divadlo "Vizita" 1983-6 a znovu od 2002, "Kuchyň Ivana Vyskočila" 1988-9, "Divadelní studio čisté radosti" 1994-2001), aranžoval a hrál v kapele čínské pěvkyně Feng-jün Song (CD Horská karavana, 2001). Komponoval také pro divadlo (např. k představení Nachové plachty Divadla bří Formanů) a film (Vojtěch řečený sirotek režiséra Zdeňka Tyce, 1989; Sentiment režiséra Tomáše Hejtmánka, 2002-3; Kousek nebe režiséra Petra Nikolaeva, 2005; Zlatá karta Petra Nikolaeva, 2005). Hudba k filmu Kousek nebe byla nominována na cenu České filmové akademie za rok 2005. V posledních letech Smolka byl zván k přednáškám o vlastním díle (McGill University Montreal; Katedra hudební vědy FFUK Praha; vysoké hudební školy v Curychu, Winterthuru, Würzburgu, Brně, Katowicích, Krakově; skladatelské kursy v Ostravě) a k vyučování skladbě (kursy v Trstěnicích a Českém Krumlově). V roce 1999 zasedal v porotě Mezinárodní skladatelské soutěže Kazimierze Serockého, pořádané polskou sekcí ISCM, v roce 2006 v porotě 1. mezinárodní skladatelské soutěže Alexandra Moyzese a v roce 2007 v mnichovské soutěži BMW Kompositionspreise der musica viva.