Martin Marek pocházel z hudebnické rodiny. Vystudoval hru na violoncello u Pravoslava Sádlo a skladbu u Ilji Hurníka na Pražské konzervatoři. Po absolutoriu působil jako violoncellista v Symfonickém orchestru československého rozhlasu (SOČR), s nímž během dvanácti let hrál v mnoha zemích, včetně Japonska, které nejvíce stimulovalo jeho hudební představivost. Postupně narůstající potřeba osvobození se od masívního orchestrálního zvuku přivádí Marka zpět ke studiu skladby, tentokrát na Hudební fakultě Akademie múzických umění v Praze, které absolvoval u Marka Kopelenta v roce 1998. Některá z jeho děl obdržela ocenění v mezinárodních skladatelských soutěžích, např. trio "Alban Arthuan" získalo cenu ve  Val Tidone; v Nizozemí byl jeho Septuor "Cosciette di Roncole alla Luigi Galvani" nominován do reprezentační přehlídky programů amsterodamského rádia v rámci Národní Vysílací Společnosti, "HI-Castle Blue" pro klavír a mg pás bylo s úspěchem provedeno na přehlídce Jazzvenue 2000 v Amsterdam Bimhuis. Jeho kus Voce Taciturna byl vybrán pro mezinárodní festival ISCM World Music Days v Yokohamě (2001). Od roku 2001 získával Martin Marek svými kompozicemi stále více pozornosti a uznání v zahraničí. Jeho skladby se opakovaně hrály na mezinárodních festivalech (ISCM - WMD 2003, 2005; Bucharest 2002, American League of Composers - New York 2002, Tokyo 2003, ENH Brno 2004, Warsaw Autumn 2004, Prague Premieres 2004, 2006; Festival Krakowski kompozytorów 2005, Toronto 2006). Zhruba od konce 90. let minulého století se začalo jeho jméno objevovat i v repertoáru některých předních světových interpretů jako jsou BBC Singers, Arditti Quartett, Zagrebački Kvartet, Catherine Marie Tunnell, Garreth Adtkins a mnohých dalších, a to jak domácích, tak zahraničních.